quitar los ^M

:%s/^M//g

o bien
sed 's///g' -i fichero
perl -pi -e 's/\r\n/\n/g' fichero

o todos los ficheros de un mismo directorio

perl -pi -e 's/\r\n/\n/g' *


PS: este post es una copia descarada (hay un montón de blog con estos comandos)